অধ্যাপক এ কে এম ফজলুল বারী বিসিএস স্বাস্থ্য ক্যাডারে উত্তীর্ণ হয়ে পেশাজীবন শুরু করেন। ২০০৫ সালে সহকারী অধ্যাপক হিসেবে পরমাণু শক্তি কমিশনের অধীন নিনমাসে যোগ দেন।